ماده ۳- وظایف و اختیارات سازمان با توجه به اهداف فوق به شرح زیر می‌باشد:
الف- اظهارنظر مشورتی در تهیه و تدوین لوایح، طرح‌ها، تصویب‌نامه‌ها و آئین‌نامه‌های مرتبط با امور پزشکی.
ب– تنظیم دستورالعمل‌های تبلیغاتی و آگهی‌های داروئی و مواد خوراکی و آشامیدنی و آرایشی و بهداشتی و امور پزشکی و اعلام به مراجع ذی‌ربط.
تبصره –سازمان نظام پزشکی موظف است حداکثر ظرف مدت پانزده روز از تاریخ وصول استعلامیه، نظر خود را به مراجع ذی‌ربط اعلام نماید.
ج– تدوین و تصویب مقررات و ضوابط خاص صنفی مربوط به استاندارد کردن تابلوها و سرنسخه‌های موسسات پزشکی و پزشکان شاغل حرف پزشکی و وابسته پزشکی.
د– اجرای برنامه‌های آموزش مداوم اعضاء موضوع این قانون در راستای قانون آموزش مداوم جامعه پزشکی با مجوز وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی.
هـ – صادر نمودن کارت عضویت برای اعضاء سازمان موضوع این قانون.
و- رسیدگی انتظامی به تخلفات صنفی حرفه‌ای شاغلین حرف پزشکی که عنوان جرائم عمومی را نداشته باشند.
ز- اظهارنظر کارشناسی در مورد جرائم پزشکی به عنوان مرجع رسمی به دادگاه‌ها و دادسراها.
ح– همکاری با مراجع ی صلاح در جهت رسیدگی به تخلفات غیر صنفی و جرائم شاغلین به حرف پزشکی و وابسته به پزشکی و اظهارنظرهای کارشناسی مشورتی در این رابطه با مراجع ذی‌ربط.
ط- همکاری با مراجع ذی صلاح در جهت حفظ احترام و شئون پزشکی در جامعه.
ی- همکاری با مراجع ذی‌ربط در جهت گسترش فعالیت‌های علمی و تحقیقاتی و انتشارات پزشکی.
ک– اظهارنظر و مشارکت فعال به هنگام تعیین یا تجدید نظر در تعرفه‌های خدمات بهداشتی و درمانی بخش دولتی و تعیین تعرفه‌ها در بخش غیردولتی بر اساس ضوابط بند (۸) ماده (۱) قانون بیمه همگانی خدمات درمانی کشور مصوب ۳/۸/۱۳۷۳ و همکاری با مراجع ذی‌صلاح در اجرای آن.
تبصره –درصد تعهد سازمان‌های بیمه‌گر در قبال تعرفه‌های فوق توسط شورای عالی بیمه خدمات درمانی همه ساله تعیین خواهد شد.
ل– اظهارنظر و مشارکت فعال در تعیین و یا تجدیدنظر در میزان مالیات و عوارض مشاغل موسسات و شاغلان حرف پزشکی و همکاری با مراجع ذی‌صلاح در وصول آن.
م– مشارکت در تدوین آئین‌نامه‌ها و دستورالعمل‌های نظارتی در مورد مطب‌ها، موسسات درمانی و بهداشتی و دیگر مراکز پاراکلینیک در بخش خصوصی.
ن- صدور پروانه اشتغال مطب‌های پزشکی و حرف وابسته و تمدید آنها و مشارکت در صدور پروانه موسسات پزشکی بر اساس مقررات و ضوابط وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی.
ق- عضویت در شوراهای گسترش و برنامه‌ریزی دانشگاه‌ها و مشارکت در تعیین ظرفیت دانشگاه‌های دولتی و غیر دولتی.
ر- همکاری در تدوین آئین‌نامه‌های ارزشیابی و مشارکت در اجرای آن برای مراکز درمانی و بیمارستانی.
ش- کمک به رفع مشکلات رفاهی و مالی شاغلان حرف پزشکی کم درآمد و خسارت دیده از طریق صندوق تعاون و رفاه.
ت– همکاری با مراجع ذی‌ربط در ارائه خدمات امدادی، بهداشتی و درمانی به هنگام بروز حوادث و سوانح، غیرمترقبه از طریق تشویق و بسیج اعضاء سازمان.
س- مشارکت فعال در تدوین برنامه‌های آموزشی گروه پزشکی.
ع- همکاری و مشارکت در جهت اشتغال فارغ‌التحصیلان گروه پزشکی.
ف– انجام کلیه مسئولیت‌ها، وظایف و اختیاراتی که تاکنون در قوانین مختلف از سوی مجلس شورای اسلامی به سازمان نظام پزشکی جمهوری اسلامی ایران محول گردیده است.